Einige der älteren Chinolone besitzen deutliche Hemmwirkungen auf wichtige Arzneimittel-metabolisierende Enzyme – die sogenannten Cytochrom-P450-abhängigen Monooxygenasen. Hier ist es besonders das Enzym CYP 1A2, das zum Beispiel durch Enoxacin (ENOXOR) so stark gehemmt wird, dass eine deutliche Hemmung des Theophyllin (EUPHYLLIN u.a.)-Metabolismus resultiert, wenn beide Medikamente zusammen verabreicht werden. Da aus dieser Wechselwirkung in hohem Maße toxische Wirkungen durch erhöhte Theophyllin-Spiegel resultieren, sollte Enoxacin, das keine erkennbaren Vorteile gegenüber anderen Chinolonen besitzt, heute nicht mehr verwendet werden. Auch mit Norfloxacin und Ciprofloxacin wurden, wenn auch in geringerem Ausmaß, inhibierende Wirkungen auf die hepatischen Monooxygenasen mit entsprechenden Konsequenzen beschrieben. 

Darüber hinaus sind Interaktionen mit der renalen Elimination einiger Chinolone bei gleichzeitiger Gabe von Probenecid (PROBENECID) möglich. Bemerkenswert ist schließlich das Potential für Interaktionen mit Digoxin (LANICOR u.a.), das bei einigen Chinolonen wie z. B. Moxifloxacin (AVALOX) nachgewiesen wurde. Diese Interaktion zeichnet sich durch eine ausgeprägte interindividuelle Variabilität aus und es ist unklar, über welchen Mechanismus sie zustande kommt. Möglichweise ist ein Einfluss auf P-Glykoprotein entscheidend, das an Resorptionsvorgängen beteiligt ist. Obwohl diese Interaktion gelegentlich als "klinisch nicht relevant" eingeordnet wird, bestehen angesichts der geringen therapeutischen Breite der Digitalisglykoside und in Anbetracht der hohen individuellen Variabilität durchaus Bedenken. 

Die unten stehende Tabelle gibt einen Überblick über mögliche Interaktionen.